Det danske navn på byen var Scoresbysund, opkaldt efter den Engelske hvalfanger William Scoresby, der var den første til at tegne kort over området i 1822.
Illoqqortoormiut er grundlagt i 1925 på Ejnar Mikkelsens initiativ. Grundlæggelsen var delvis som modvægt til Norges voksende interesse for Nordøst Grønland, men det var også et forsøg på at skabe bedre livsforhold for nogle indbyggere fra Ammassalik ved, at flytte dem til et område med bedre jagtforhold.